Berawal dari Kompetensi Keahlian NKPI yang mulai dibuka pada tahun 2001 bergabung dengan Sekolah Induk SMK Negeri 2 Probolinggo, dua tahun kemudian di buka Kompetensi Keahlian TKPI. Dalam rangka pemerataan dan perluasan akses pendidikan, peningkatan mutu, relevansi dan daya saing, penguatan tata kelola, akuntabilitas dan pencitraan public serta peningkatan SDM warga kota Probolinggo yang berlatar belakang masyarakat Nelayan, maka perlu kiranya didirikan SMKN 4 Probolinggo (SMK Pelayaran). SMK Negeri 4 Kota Probolinggo didirikan pada tahun 2007 atas dasar pertimbangan untuk mempermudah masyarakat mendapatkan akses pendidikan dan pelatihan yang murah dan berkualitas, dan sekaligus bentuk tanggungjawab pemerintah terhadap pemenuhan kebutuhan dasar yaitu pendidikan khususnya dibidang Kelautan.
SMKN 4 Probolinggo memiliki kurikulum yang selaras dengan kebutuhan Dunia Usaha, Dunia Industri dan Dunia Kerja (DUDIKA), hal ini dilakukan untuk mempersiapkan semua lulusan taruna maupun taruni agar siap bekerja dengan kompetensi keahlian masing masing. Adapun jurusan yang ada di SMK Negeri 4 Probolinggo, diantaranya :
1. Program Keahlian Nautika Kapal Penangkap Ikan (NKPI)
2. Program Keahlian Teknika Kapal Penangkap Ikan (TKPI)
3. Program Keahlian Desain Komunikasi Visual (DKV)
4. Program Keahlian Teknik Kendaraan Ringan (TKR)
5. Program Keahlian Agribisnis Pengolahan Hasil Perikanan (APHPi)
6. Program Keahlian Nautika Kapal Niaga (NKN)
Di sekolah ini, siswa dipanggil Taruna dan siswi disebut Taruni. Tidak hanya panggilan saja yang berbeda, namun perlakuan juga terdapat perbedaan, contohnya seperti kedisiplinan, kerapian, hingga tanggung jawab. Taruna memiliki kebiasaan yang lebih baik daripada siswa biasa, oleh karena ketika lulus dari SMK Negeri 4 Probolinggo taruna menjadi lebih baik.
