Berawal dari Kompetensi Keahlian NKPI yang mulai dibuka pada tahun 2001 bergabung dengan Sekolah Induk SMK Negeri 2 Probolinggo, dua tahun kemudian di buka Kompetensi Keahlian TKPI. Dalam rangka pemerataan dan perluasan akses pendidikan, peningkatan mutu, relevansi dan daya saing, penguatan tata kelola, akuntabilitas dan pencitraan public serta peningkatan SDM warga kota Probolinggo yang berlatar belakang masyarakat Nelayan, maka perlu kiranya didirikan SMK Negeri 4 Probolinggo (SMK Pelayaran). SMK Negeri 4 Kota Probolinggo didirikan pada tahun 2007 atas dasar pertimbangan untuk mempermudah masyarakat mendapatkan akses pendidikan dan pelatihan yang murah dan berkualitas, dan sekaligus bentuk tanggungjawab pemerintah terhadap pemenuhan kebutuhan dasar yaitu pendidikan khususnya dibidang Kelautan.

Dengan terwujudnya program ini dalam suatu kegiatan nyata yang berjalan dengan baik, dapat memberikan konstribusi positif bagi peningkatan akses layanan pendidikan kejuruan terhadap generasi bangsa yang ingin memiliki ilmu pengetahuan serta keterampilan  khususnya dibidang kelautan.

Sampai tahun pelajaran 2020-2021 jumlah taruna /taruni yang belajar di SMK Negeri 4 Kota Probolinggo sebanyak 1025  dan terbagi dalam 6 program keahlian yaitu:

   1.  Program Keahlian Nautika Kapal Penangkap Ikan (NKPI)
   2. Program Keahlian Teknika Kapal Penangkap Ikan (TKPI)
   3. Program Keahlian Nautika Kapal Niaga (NKN)
   4. Program Keahlian Agribisnis Pengolahan Hasil Perikanan (APHPi)
   5. Program Keahlian Teknik Kendaraan Ringan (TKR)
   6. Program Keahlian Desain Komunikasi Visual (DKV)

Dukungan Kemendikbud dan Dinas yang terkait akan sangat membantu dalam upaya Penguatan Pendidikan Kelautan sebagai upaya memenuhi kekurangan akan tenaga  Profesioanal di bidang kelautan sehingga  menjadi tamatan yang bermutu memiliki relefansi dan daya saing di dunia kerja